平成27年3月25日（東京都規則第26号、東京都組織規程の一部を改正する規則）
政策企画局外務部を次のように改める。
総務局総務部「総務課」の次に「企画計理課」を加える。
同局情報システム部を次のように改める。
同局首都大学支援部を廃止する。
財務局主計部「予算第二課」の次に「予算第三課」を加える。
オリンピック・パラリンピック準備局総合調整部「企画課」を「計画課」に改める。
同局大会準備部「開催計画課」の次に「パラリンピック準備課」を加える。
同局スポーツ推進部「事業推進課」の次に「障害者スポーツ課」を加える。
都市整備局市街地整備部「民間開発課」を廃止する。
環境局「都市地球環境部」を「地球環境エネルギー部」に改め、「総量削減課」の次に「地域エネルギー課」を加える。
同局都市エネルギー部を廃止する。
福祉保健局総務部を次のように改める。
- 「総務部
- 総務課、企画政策課、計理課、契約管財課、職員課」
産業労働局観光部「振興課」の次に「受入環境課」を加える。
（4月1日から施行）
政策企画局
- 総務部
- 総務課、秘書課、管理課
- 調整部
- 政策課、渉外課、報道課
- 計画部
- 計画課
- 外務部
- 管理課（H27.4.1）、企画課（H27.4.1）、事業課（H27.4.1）
青少年・治安対策本部
- 総合対策部
- 総務課、青少年課、治安対策課、安全・安心まちづくり課、交通安全課
総務局
- 総務部
- 総務課、企画計理課（H27.4.1）、文書課、法務課
- 復興支援対策部
- 被災地支援課、都内避難者支援課
- 行政改革推進部
- 行政改革課、監理団体指導課
- 情報通信企画部（H27.4.1）
- 企画課（H27.4.1）
- 人事部
- 人事課、職員支援課、制度企画課、調査課
- 行政監察室
-
- 行政部
- 振興企画課、区政課、市町村課
- 総合防災部
- 防災管理課、防災対策課、防災通信課
- 統計部
- 調整課、人口統計課、産業統計課、社会統計課
- 人権部
- 企画課、人権施策推進課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、予算第三課（H27.4.1）、公債課
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、活用促進課
- 建築保全部
- 工務課、技術管理課、庁舎管理課、庁舎整備課、施設整備第一課、施設整備第二課、オリンピック・パラリンピック施設整備課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課、歳入課、システム管理課、評価審査課
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、査察課
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課
- 徴収部
- 計画課、徴収指導課、納税推進課、個人都民税対策課、機動整理課
生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 広報広聴部
- 広報課、情報公開課、都民の声課
- 都民生活部
- 管理法人課、地域活動推進課、男女平等参画課、旅券課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、生活安全課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 文化振興部
- 企画調整課、文化事業課
オリンピック・パラリンピック準備局
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 総合調整部
- 調整課、計画課（H27.4.1）
- 大会準備部
- 管理課、開催計画課、パラリンピック準備課（H27.4.1）、施設輸送計画課
- スポーツ推進部
- 調整課、事業推進課、障害者スポーツ課（H27.4.1）
都市整備局
- 総務部
- 総務課、職員課、企画経理課、技術管理課
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、都市計画課、土地利用計画課、開発企画課、緑地景観課
- 住宅政策推進部
- 住宅政策課、民間住宅課、マンション課、不動産業課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課
- 市街地整備部
- 管理課、企画課、防災都市づくり課、区画整理課、再開発課、多摩ニュータウン事業室
- 市街地建築部
- 調整課、建築企画課、建築指導課、建設業課
- 都営住宅経営部
- 経営企画課、指導管理課、資産活用課、住宅整備課、施設整備課
- 基地対策部
-
環境局
- 総務部
- 総務課、環境政策課、経理課
- 地球環境エネルギー部（H27.4.1）
- 計画課、総量削減課、地域エネルギー課（H27.4.1）、環境都市づくり課
- 環境改善部
- 計画課、大気保全課、化学物質対策課、環境保安課、自動車環境課
- 自然環境部
- 計画課、緑環境課、水環境課
- 資源循環推進部
- 計画課、一般廃棄物対策課、産業廃棄物対策課
福祉保健局
- 総務部
- 総務課、企画政策課（H27.4.1）、計理課（H27.4.1）、契約管財課、職員課
- 指導監査部
- 指導調整課、指導第一課、指導第二課、指導第三課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 保健政策部
- 保健政策課、健康推進課、疾病対策課、医療助成課、国民健康保険課
- 生活福祉部
- 計画課、保護課、生活支援課、地域福祉推進課
- 高齢社会対策部
- 計画課、介護保険課、在宅支援課、施設支援課
- 少子社会対策部
- 計画課、家庭支援課、育成支援課、保育支援課
- 障害者施策推進部
- 計画課、自立生活支援課、居住支援課、精神保健・医療課
- 健康安全部
- 健康安全課、食品監視課、薬務課、環境保健衛生課、感染症対策課
病院経営本部
- 経営企画部
- 総務課、財務課、職員課
- サービス推進部
- 事業支援課
産業労働局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、職員課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営支援課、地域産業振興課
- 金融部
- 金融課、貸金業対策課
- 金融監理部
- 監理課
- 観光部
- 企画課、振興課、受入環境課（H27.4.1）
- 農林水産部
- 調整課、食料安全課、農業振興課、水産課、森林課
- 雇用就業部
- 調整課、就業推進課、労働環境課、能力開発課
中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、市場政策課、財務課
- 事業部
- 業務課、施設課
- 新市場整備部
- 管理課、施設整備課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、技術管理課、職員課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、鉄道関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 三環状道路整備推進部
- 管理課、整備推進課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課
- 河川部
- 管理課、指導調整課、計画課、改修課、防災課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、財務課
- 港湾経営部
- 経営課、振興課
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
会計管理局
- 管理部
- 総務課、公金管理課、会計企画課、出納課
- 警察・消防出納部
- 警察出納課、消防出納課
平成27年8月1日現在
平成27年4月1日と同じ
平成28年3月25日（東京都規則第92号、東京都組織規程の一部を改正する規則）
総務局総合防災部「防災管理課」の次に「防災計画課」を加える。
オリンピック・パラリンピック準備局総合調整部「計画課」を「連携推進課、計画運営課、パラリンピック準備課」に改める。
同局大会準備部を次のように改める。
- 「大会施設部
- 調整課、施設整備第一課、施設整備第二課」
環境局地球環境エネルギー部「環境都市づくり課」の次に「次世代エネルギー推進課」を加える。
福祉保健局障害者施策推進部を次のように改める。
- 「障害者施策推進部
- 計画課、地域生活支援課、施設サービス支援課、精神保健医療課」
（4月1日から施行）
平成28年4月1日現在
政策企画局
- 総務部
- 総務課、秘書課、管理課
- 調整部
- 政策課、渉外課、報道課
- 計画部
- 計画課
- 外務部
- 管理課、企画課、事業課
青少年・治安対策本部
- 総合対策部
- 総務課、青少年課、治安対策課、安全・安心まちづくり課、交通安全課
総務局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、文書課、法務課
- 復興支援対策部
- 被災地支援課、都内避難者支援課
- 行政改革推進部
- 行政改革課、監理団体指導課
- 情報通信企画部
- 企画課
- 人事部
- 人事課、職員支援課、制度企画課、調査課
- 行政監察室
-
- 行政部
- 振興企画課、区政課、市町村課
- 総合防災部
- 防災管理課、防災計画課（H28.4.1）、防災対策課、防災通信課
- 統計部
- 調整課、人口統計課、産業統計課、社会統計課
- 人権部
- 企画課、人権施策推進課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、予算第三課、公債課
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、活用促進課
- 建築保全部
- 工務課、技術管理課、庁舎管理課、庁舎整備課、施設整備第一課、施設整備第二課、オリンピック・パラリンピック施設整備課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課、歳入課、システム管理課、評価審査課
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、査察課
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課
- 徴収部
- 計画課、徴収指導課、納税推進課、個人都民税対策課、機動整理課
生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 広報広聴部
- 広報課、情報公開課、都民の声課
- 都民生活部
- 管理法人課、地域活動推進課、男女平等参画課、旅券課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、生活安全課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 文化振興部
- 企画調整課、文化事業課
オリンピック・パラリンピック準備局
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 総合調整部
- 調整課、連携推進課（H28.4.1）、計画運営課（H28.4.1）、パラリンピック準備課（H28.4.1）
- 大会施設部（H28.4.1）
- 調整課（H28.4.1）、施設整備第一課（H28.4.1）、施設整備第二課（H28.4.1）
- スポーツ推進部
- 調整課、事業推進課、障害者スポーツ課
都市整備局
- 総務部
- 総務課、職員課、企画経理課、技術管理課
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、都市計画課、土地利用計画課、開発企画課、緑地景観課
- 住宅政策推進部
- 住宅政策課、民間住宅課、マンション課、不動産業課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課
- 市街地整備部
- 管理課、企画課、防災都市づくり課、区画整理課、再開発課、多摩ニュータウン事業室
- 市街地建築部
- 調整課、建築企画課、建築指導課、建設業課
- 都営住宅経営部
- 経営企画課、指導管理課、資産活用課、住宅整備課、施設整備課
- 基地対策部
-
環境局
- 総務部
- 総務課、環境政策課、経理課
- 地球環境エネルギー部
- 計画課、総量削減課、地域エネルギー課、環境都市づくり課、次世代エネルギー推進課（H28.4.1）
- 環境改善部
- 計画課、大気保全課、化学物質対策課、環境保安課、自動車環境課
- 自然環境部
- 計画課、緑環境課、水環境課
- 資源循環推進部
- 計画課、一般廃棄物対策課、産業廃棄物対策課
福祉保健局
- 総務部
- 総務課、企画政策課、計理課、契約管財課、職員課
- 指導監査部
- 指導調整課、指導第一課、指導第二課、指導第三課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 保健政策部
- 保健政策課、健康推進課、疾病対策課、医療助成課、国民健康保険課
- 生活福祉部
- 計画課、保護課、生活支援課、地域福祉推進課
- 高齢社会対策部
- 計画課、介護保険課、在宅支援課、施設支援課
- 少子社会対策部
- 計画課、家庭支援課、育成支援課、保育支援課
- 障害者施策推進部
- 計画課、地域生活支援課（H28.4.1）、施設サービス支援課（H28.4.1）、精神保健医療課（H28.4.1）
- 健康安全部
- 健康安全課、食品監視課、薬務課、環境保健衛生課、感染症対策課
病院経営本部
- 経営企画部
- 総務課、財務課、職員課
- サービス推進部
- 事業支援課
産業労働局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、職員課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営支援課、地域産業振興課
- 金融部
- 金融課、貸金業対策課
- 金融監理部
- 監理課
- 観光部
- 企画課、振興課、受入環境課
- 農林水産部
- 調整課、食料安全課、農業振興課、水産課、森林課
- 雇用就業部
- 調整課、就業推進課、労働環境課、能力開発課
中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、市場政策課、財務課
- 事業部
- 業務課、施設課
- 新市場整備部
- 管理課、施設整備課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、技術管理課、職員課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、鉄道関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 三環状道路整備推進部
- 管理課、整備推進課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課
- 河川部
- 管理課、指導調整課、計画課、改修課、防災課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、財務課
- 港湾経営部
- 経営課、振興課
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
会計管理局
- 管理部
- 総務課、公金管理課、会計企画課、出納課
- 警察・消防出納部
- 警察出納課、消防出納課
平成28年6月30日（東京都規則第193号、東京都組織規程の一部を改正する規則）
産業労働局金融監理部を削除する。
（7月1日から施行）
平成28年8月1日現在
政策企画局
- 総務部
- 総務課、秘書課、管理課
- 調整部
- 政策課、渉外課、報道課
- 計画部
- 計画課
- 外務部
- 管理課、企画課、事業課
青少年・治安対策本部
- 総合対策部
- 総務課、青少年課、治安対策課、安全・安心まちづくり課、交通安全課
総務局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、文書課、法務課
- 復興支援対策部
- 被災地支援課、都内避難者支援課
- 行政改革推進部
- 行政改革課、監理団体指導課
- 情報通信企画部
- 企画課
- 人事部
- 人事課、職員支援課、制度企画課、調査課
- 行政監察室
-
- 行政部
- 振興企画課、区政課、市町村課
- 総合防災部
- 防災管理課、防災計画課、防災対策課、防災通信課
- 統計部
- 調整課、人口統計課、産業統計課、社会統計課
- 人権部
- 企画課、人権施策推進課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、予算第三課、公債課
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、活用促進課
- 建築保全部
- 工務課、技術管理課、庁舎管理課、庁舎整備課、施設整備第一課、施設整備第二課、オリンピック・パラリンピック施設整備課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課、歳入課、システム管理課、評価審査課
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、査察課
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課
- 徴収部
- 計画課、徴収指導課、納税推進課、個人都民税対策課、機動整理課
生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 広報広聴部
- 広報課、情報公開課、都民の声課
- 都民生活部
- 管理法人課、地域活動推進課、男女平等参画課、旅券課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、生活安全課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 文化振興部
- 企画調整課、文化事業課
オリンピック・パラリンピック準備局
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 総合調整部
- 調整課、連携推進課、計画運営課、パラリンピック準備課
- 大会施設部
- 調整課、施設整備第一課、施設整備第二課
- スポーツ推進部
- 調整課、事業推進課、障害者スポーツ課
都市整備局
- 総務部
- 総務課、職員課、企画経理課、技術管理課
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、都市計画課、土地利用計画課、開発企画課、緑地景観課
- 住宅政策推進部
- 住宅政策課、民間住宅課、マンション課、不動産業課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課
- 市街地整備部
- 管理課、企画課、防災都市づくり課、区画整理課、再開発課、多摩ニュータウン事業室
- 市街地建築部
- 調整課、建築企画課、建築指導課、建設業課
- 都営住宅経営部
- 経営企画課、指導管理課、資産活用課、住宅整備課、施設整備課
- 基地対策部
-
環境局
- 総務部
- 総務課、環境政策課、経理課
- 地球環境エネルギー部
- 計画課、総量削減課、地域エネルギー課、環境都市づくり課、次世代エネルギー推進課
- 環境改善部
- 計画課、大気保全課、化学物質対策課、環境保安課、自動車環境課
- 自然環境部
- 計画課、緑環境課、水環境課
- 資源循環推進部
- 計画課、一般廃棄物対策課、産業廃棄物対策課
福祉保健局
- 総務部
- 総務課、企画政策課、計理課、契約管財課、職員課
- 指導監査部
- 指導調整課、指導第一課、指導第二課、指導第三課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 保健政策部
- 保健政策課、健康推進課、疾病対策課、医療助成課、国民健康保険課
- 生活福祉部
- 計画課、保護課、生活支援課、地域福祉推進課
- 高齢社会対策部
- 計画課、介護保険課、在宅支援課、施設支援課
- 少子社会対策部
- 計画課、家庭支援課、育成支援課、保育支援課
- 障害者施策推進部
- 計画課、地域生活支援課（H28.4.1）、施設サービス支援課（H28.4.1）、精神保健医療課（H28.4.1）
- 健康安全部
- 健康安全課、食品監視課、薬務課、環境保健衛生課、感染症対策課
病院経営本部
- 経営企画部
- 総務課、財務課、職員課
- サービス推進部
- 事業支援課
産業労働局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、職員課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営支援課、地域産業振興課
- 金融部
- 金融課、貸金業対策課
- 観光部
- 企画課、振興課、受入環境課
- 農林水産部
- 調整課、食料安全課、農業振興課、水産課、森林課
- 雇用就業部
- 調整課、就業推進課、労働環境課、能力開発課
中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、市場政策課、財務課
- 事業部
- 業務課、施設課
- 新市場整備部
- 管理課、施設整備課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、技術管理課、職員課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、鉄道関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 三環状道路整備推進部
- 管理課、整備推進課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課
- 河川部
- 管理課、指導調整課、計画課、改修課、防災課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、財務課
- 港湾経営部
- 経営課、振興課
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
会計管理局
- 管理部
- 総務課、公金管理課、会計企画課、出納課
- 警察・消防出納部
- 警察出納課、消防出納課
平成29年3月31日（東京都規則第40号、東京都組織規程の一部を改正する規則）
総務局行政監察室を次のように改める。
- 「コンプライアンス推進部
- コンプライアンス推進課」
オリンピック・パラリンピック準備局総合調整部「パラリンピック準備課」を廃止する。
同局総合調整部の次に「パラリンピック部」を置き、その分課を次のように定める。
同局スポーツ推進部「障害者スポーツ課」を廃止する。
（4月1日から施行）
政策企画局
- 総務部
- 総務課、秘書課、管理課
- 調整部
- 政策課、渉外課、報道課
- 計画部
- 計画課
- 外務部
- 管理課、企画課、事業課
青少年・治安対策本部
- 総合対策部
- 総務課、青少年課、治安対策課、安全・安心まちづくり課、交通安全課
総務局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、文書課、法務課
- 復興支援対策部
- 被災地支援課、都内避難者支援課
- 行政改革推進部
- 行政改革課、監理団体指導課
- 情報通信企画部
- 企画課
- 人事部
- 人事課、職員支援課、制度企画課、調査課
- コンプライアンス推進部（H29.4.1）
- コンプライアンス推進課（H29.4.1）
- 行政部
- 振興企画課、区政課、市町村課
- 総合防災部
- 防災管理課、防災計画課、防災対策課、防災通信課
- 統計部
- 調整課、人口統計課、産業統計課、社会統計課
- 人権部
- 企画課、人権施策推進課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、予算第三課、公債課
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、活用促進課
- 建築保全部
- 工務課、技術管理課、庁舎管理課、庁舎整備課、施設整備第一課、施設整備第二課、オリンピック・パラリンピック施設整備課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課、歳入課、システム管理課、評価審査課
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、査察課
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課
- 徴収部
- 計画課、徴収指導課、納税推進課、個人都民税対策課、機動整理課
生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 広報広聴部
- 広報課、情報公開課、都民の声課
- 都民生活部
- 管理法人課、地域活動推進課、男女平等参画課、旅券課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、生活安全課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 文化振興部
- 企画調整課、文化事業課
オリンピック・パラリンピック準備局
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 総合調整部
- 調整課、連携推進課、計画運営課
- パラリンピック部（H29.4.1）
- 調整課（H29.4.1）、障害者スポーツ課（H29.4.1）
- 大会施設部
- 調整課、施設整備第一課、施設整備第二課
- スポーツ推進部
- 調整課、事業推進課
都市整備局
- 総務部
- 総務課、職員課、企画経理課、技術管理課
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、都市計画課、土地利用計画課、開発企画課、緑地景観課
- 住宅政策推進部
- 住宅政策課、民間住宅課、マンション課、不動産業課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課
- 市街地整備部
- 管理課、企画課、防災都市づくり課、区画整理課、再開発課、多摩ニュータウン事業室
- 市街地建築部
- 調整課、建築企画課、建築指導課、建設業課
- 都営住宅経営部
- 経営企画課、指導管理課、資産活用課、住宅整備課、施設整備課
- 基地対策部
-
環境局
- 総務部
- 総務課、環境政策課、経理課
- 地球環境エネルギー部
- 計画課、総量削減課、地域エネルギー課、環境都市づくり課、次世代エネルギー推進課
- 環境改善部
- 計画課、大気保全課、化学物質対策課、環境保安課、自動車環境課
- 自然環境部
- 計画課、緑環境課、水環境課
- 資源循環推進部
- 計画課、一般廃棄物対策課、産業廃棄物対策課
福祉保健局
- 総務部
- 総務課、企画政策課、計理課、契約管財課、職員課
- 指導監査部
- 指導調整課、指導第一課、指導第二課、指導第三課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 保健政策部
- 保健政策課、健康推進課、疾病対策課、医療助成課、国民健康保険課
- 生活福祉部
- 計画課、保護課、生活支援課、地域福祉推進課
- 高齢社会対策部
- 計画課、介護保険課、在宅支援課、施設支援課
- 少子社会対策部
- 計画課、家庭支援課、育成支援課、保育支援課
- 障害者施策推進部
- 計画課、地域生活支援課、施設サービス支援課、精神保健医療課
- 健康安全部
- 健康安全課、食品監視課、薬務課、環境保健衛生課、感染症対策課
病院経営本部
- 経営企画部
- 総務課、財務課、職員課
- サービス推進部
- 事業支援課
産業労働局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、職員課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営支援課、地域産業振興課
- 金融部
- 金融課、貸金業対策課
- 観光部
- 企画課、振興課、受入環境課
- 農林水産部
- 調整課、食料安全課、農業振興課、水産課、森林課
- 雇用就業部
- 調整課、就業推進課、労働環境課、能力開発課
中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、市場政策課、財務課
- 事業部
- 業務課、施設課
- 新市場整備部
- 管理課、施設整備課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、技術管理課、職員課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、鉄道関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 三環状道路整備推進部
- 管理課、整備推進課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課
- 河川部
- 管理課、指導調整課、計画課、改修課、防災課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、財務課
- 港湾経営部
- 経営課、振興課
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
会計管理局
- 管理部
- 総務課、公金管理課、会計企画課、出納課
- 警察・消防出納部
- 警察出納課、消防出納課
平成29年8月1日現在
平成29年年4月1日と同じ
平成30年3月30日（東京都規則第46号、東京都組織規程の一部を改正する規則）
オリンピック・パラリンピック準備局総務部「企画計理課」の次に「企画調整課」を加える。
同局総合調整部を次のように改める。
- 「計画推進部
- 調整課、運営課、競技・渉外課、事業推進課」
同局大会施設部「施設整備第二課」の次に「輸送課」を加える。
同局スポーツ推進部「調整課」の次に「ラグビーワールドカップ準備課」を加える。
福祉保健局生活福祉部を次のように改める。
（4月1日から施行）
政策企画局
- 総務部
- 総務課、秘書課、管理課
- 調整部
- 政策課、渉外課、報道課
- 計画部
- 計画課
- 外務部
- 管理課、企画課、事業課
青少年・治安対策本部
- 総合対策部
- 総務課、青少年課、治安対策課、安全・安心まちづくり課、交通安全課
総務局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、文書課、法務課
- 復興支援対策部
- 被災地支援課、都内避難者支援課
- 行政改革推進部
- 行政改革課、監理団体指導課
- 情報通信企画部
- 企画課
- 人事部
- 人事課、職員支援課、制度企画課、調査課
- コンプライアンス推進部
- コンプライアンス推進課
- 行政部
- 振興企画課、区政課、市町村課
- 総合防災部
- 防災管理課、防災計画課、防災対策課、防災通信課
- 統計部
- 調整課、人口統計課、産業統計課、社会統計課
- 人権部
- 企画課、人権施策推進課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、予算第三課、公債課
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、活用促進課
- 建築保全部
- 工務課、技術管理課、庁舎管理課、庁舎整備課、施設整備第一課、施設整備第二課、オリンピック・パラリンピック施設整備課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課、歳入課、システム管理課、評価審査課
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、査察課
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課
- 徴収部
- 計画課、徴収指導課、納税推進課、個人都民税対策課、機動整理課
生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 広報広聴部
- 広報課、情報公開課、都民の声課
- 都民生活部
- 管理法人課、地域活動推進課、男女平等参画課、旅券課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、生活安全課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 文化振興部
- 企画調整課、文化事業課
オリンピック・パラリンピック準備局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、企画調整課（H30.4.1）
- 計画推進部（H30.4.1）
- 調整課(H30.4.1）、運営課（H30.4.1)、競技・渉外課(H30.4.1）、事業推進課(H30.4.1)
- パラリンピック部
- 調整課、障害者スポーツ課
- 大会施設部
- 調整課、施設整備第一課、施設整備第二課、輸送課(H30.4.1）
- スポーツ推進部
- 調整課、ラグビーワールドカップ開催準備課（H30.4.1)、事業推進課
都市整備局
- 総務部
- 総務課、職員課、企画経理課、技術管理課
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、都市計画課、土地利用計画課、開発企画課、緑地景観課
- 住宅政策推進部
- 住宅政策課、民間住宅課、マンション課、不動産業課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課
- 市街地整備部
- 管理課、企画課、防災都市づくり課、区画整理課、再開発課、多摩ニュータウン事業室
- 市街地建築部
- 調整課、建築企画課、建築指導課、建設業課
- 都営住宅経営部
- 経営企画課、指導管理課、資産活用課、住宅整備課、施設整備課
- 基地対策部
-
環境局
- 総務部
- 総務課、環境政策課、経理課
- 地球環境エネルギー部
- 計画課、総量削減課、地域エネルギー課、環境都市づくり課、次世代エネルギー推進課
- 環境改善部
- 計画課、大気保全課、化学物質対策課、環境保安課、自動車環境課
- 自然環境部
- 計画課、緑環境課、水環境課
- 資源循環推進部
- 計画課、一般廃棄物対策課、産業廃棄物対策課
福祉保健局
- 総務部
- 総務課、企画政策課、計理課、契約管財課、職員課
- 指導監査部
- 指導調整課、指導第一課、指導第二課、指導第三課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 保健政策部
- 保健政策課、健康推進課、疾病対策課、医療助成課、国民健康保険課
- 生活福祉部
- 計画課、保護課、地域福祉課(H30.4.1)
- 高齢社会対策部
- 計画課、介護保険課、在宅支援課、施設支援課
- 少子社会対策部
- 計画課、家庭支援課、育成支援課、保育支援課
- 障害者施策推進部
- 計画課、地域生活支援課、施設サービス支援課、精神保健医療課
- 健康安全部
- 健康安全課、食品監視課、薬務課、環境保健衛生課、感染症対策課
病院経営本部
- 経営企画部
- 総務課、財務課、職員課
- サービス推進部
- 事業支援課
産業労働局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、職員課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営支援課、地域産業振興課
- 金融部
- 金融課、貸金業対策課
- 観光部
- 企画課、振興課、受入環境課
- 農林水産部
- 調整課、食料安全課、農業振興課、水産課、森林課
- 雇用就業部
- 調整課、就業推進課、労働環境課、能力開発課
中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、市場政策課、財務課
- 事業部
- 業務課、施設課
- 新市場整備部
- 管理課、施設整備課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、技術管理課、職員課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、鉄道関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 三環状道路整備推進部
- 管理課、整備推進課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課
- 河川部
- 管理課、指導調整課、計画課、改修課、防災課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、財務課
- 港湾経営部
- 経営課、振興課
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
会計管理局
- 管理部
- 総務課、公金管理課、会計企画課、出納課
- 警察・消防出納部
- 警察出納課、消防出納課
平成30年年4月1日と同じ
平成30年10月10日（東京都訓令第15号、東京都中央卸売市場処務規程の一部改正）
中央卸売市場新市場整備部を廃止する。
（10月11日から施行）